Navalnyj var på en arbeidsreise til Sibir-byene og fikk illebefinnende på fly på vei fra Tomsk til Moskva den 20. august 2020. Flyet nødlandet i byen Omsk der Navalnyj ble hasteinnlagt og lagt i kunstig koma. To dager senere, etter press fra familien og omverdenen, ble han fraktet til Charité-sykehuset i Berlin for diagnostisering og behandling. Navalnyj våknet fra koma i september 2020 og ble igjen i Berlin for behandling og rehabilitering frem til januar 2021, da han reiste tilbake til Russland og ble arrestert.
Bilde: Twitter @Kira_Yarmysh
Bilde: Instagram @navalny
Navalnyjs kollegaer har sikret seg gjenstander hans fra hotellrommet hans i Tomsk. Disse gjenstandene ble senere viktige for å kunne stadfeste at Navalnyj har blitt forgiftet. OPCW, Organisasjonen for forbud mot kjemiske våpen, har bekreftet at Navalnyj ble forgiftet med militær nervegift novitsjok etter å ha analysert hans blodprøver.
Russlands myndigheter nekter at de kunne vært innblandet i drapsforsøket på Navalnyj, påstår manglende bevis. Det har ikke blitt opprettet noe etterforskning av saken. Navalnyj, sammen med gravende journalister fra Bellingcat, har imidlertid gjort egen etterforskning hvor han blant annet ringte til den antatte FSB-offiseren som mer eller mindre bekreftet statlig innblanding i forgiftning av Navalnyj. EU har innført sanksjoner mot Russland som følge av forgiftning av Navalnyj.